肥胖本身就是一种疾病，而且是多种非传染性慢性疾病的危险因素。儿童肥胖对心血管系统、内分泌系统、呼吸系统和肝脏、运动骨骼、心理行为及认知智力等方面带来危害。

心血管系统

高血压：肥胖与儿童高血压存在密切关系，约50%的儿童高血压伴有肥胖。血压与体重的正相关联系在儿童时期就已存在，肥胖儿童的血压水平显著高于正常体重儿童，并随着肥胖程度的增加，血压水平显著升高。

心脏结构受损及早期动脉粥样硬化：通过超声检查对心血管结构和功能的评估显示，肥胖儿童心脏每搏输出量明显增高，已发生左心室重构、左心室质量、左心室质量指数明显大于同龄正常体重儿童。

内分泌系统

2型糖尿病：北京市儿童血压研究表明，儿童期肥胖及体脂成分超标的儿童，成年后发生糖尿病的风险是正常体重儿童的2.7倍；儿童期肥胖或体脂成分超标，成年后仍然肥胖的人群发生糖尿病的风险是体重持续正常人群的4.3倍。

代谢综合征：儿童代谢综合征患病率也呈现正常儿童、超重儿童及肥胖儿童逐渐升高，儿童期至成年期持续肥胖的人群发生代谢综合征的风险是体重持续正常人群的9.5倍。

青春期发育：有研究显示，6～18岁女童BMI和体脂肪含量与青春期早发育呈正相关，而男性BMI和体脂肪含量与青春期早发育的联系恰恰相反，青春期早发育组的BMI高于晚发育组，而体脂肪含量却低于晚发育组。国外一些学者认为肥胖女性儿童容易出现月经周期异常以及多囊卵巢综合征，国内相关研究还比较少。

呼吸系统

哮喘：儿童哮喘与肥胖密切相关，并且随着BMI值升高哮喘患儿的肺功能明显下降。

睡眠呼吸障碍：肥胖儿童睡眠障碍相关症状的发生率较高，肥胖儿童平均每小时睡眠呼吸暂停低通气指数明显大于超重和正常体重儿童，睡眠时肥胖儿童的平均血氧饱和度、最低血氧饱和度均低于超重和正常体重儿童。

除此以外，肥胖还会影响儿童的运动及骨骼发育，对心理、行为、认知及智力产生不良影响，并可能诱发非酒精性脂肪性肝病、癌症等。