认识脑即认识脑的结构和功能，采用的方法有三：
第一是白箱方法：
吸取脑科学、神经生理学的研究技术，用解剖分析法、无创伤性脑成像技术，即功能性磁共振成像(FMRl)、核磁共振成像(Ni~IRl)、微机化电极、脑电图(FFG)和脑磁图(MEG)及本课题组自己研究的脑象图技术，认识脑的结构和全脑功能；
第二是黑箱方法：
根据古今中外科学家对人脑思维过程的大量观察研究，发现和认识人脑的思维规律和思维发展规律，从规律来看全脑的功能和结构，即吸取哲学思维科学、心理学、教育学和理代科学方法论的研究成果，用观察法、调查法，实验法、经验总结法、文献法、理论法、历史法、典型人物思维心理分析法及发散思维法、比较法、分析法、归纳法、综合法；
第三，将前两者结合起来，研究全脑结构和功能，找出规律，按规律开发全脑功能、这部分要写成科普作品，作为新课程资源开选修课。 在教育教学的全部活动中开发全脑功能，进行全人教育，使左右脑、左右边缘系统协调发展，功能互补，形象思维与抽象思维结合，情绪与智能统一，智力与人格整体发展，品德、智力、情感、态度、价值观和谐统一，德、智、体、美、劳、心和谐统一发展。
开发脑主要是开发脑的高级功能和智力潜能，途径仍是思维训练，主要是学科思维训练，重点是自主创新思维训练。其主要内容是：
思维心理训练：动机(立志)、兴趣、情感、意志、好奇心、自制力、成功欲等；
思维形式训练：形象(直觉)思维、抽象(逻辑)思维、灵感(顿悟)思维、创新(综合)思维(重点)；
思维方法训练：发散和聚敛思维、纵向和横向思维、顺向和逆向思维、线形平面、立体、网络思维，重点是辩证思维；
思维品质训练：广阔性、深刻性、灵活性、敏捷性、批判性，重点是创造性；
思维器官训练：人脑发育促进思维发展，反之，思维训练也促进人脑发达，用进废退。除上述五点，养成良好的思维习惯外，还可以用肢体运动（体操）等方法。
1、基础理论研究
以辩证唯物论的认识论和方法论为指导，坚持“综合、全息、和谐、统一”理念和思维方式，吸取当代脑科学、神经生理学、心理学、教育学、思维科学的最新研究成果，并将其综合起来，即将自然科学研究成果与社会科学研究成果综合起来。认识人脑的结构和功能，认识和揭示人脑思维与创新的生理和心理机制。运用白箱方法、黑箱方法，并将二者结合起来(灰箱方法)，深入研究人脑的结构和功能，进一步认识和揭示人脑思维规律和思维发展规律，思维与创新的规律，形成理论著作和科普著作，为全脑教育提供理论依据。
2、应用研究
依据基础理论的研究成果，构建全脑教育丛书理论框架，编写大、中、小、幼、胎全脑教育指导丛书，如：胎儿全脑教育，幼儿全脑教育，小学、初中、高中各学科全脑教育，大学生创新思维训练，快速读写算全脑教育，教师职业思维训练等。
3、教育实验
(1)家长与优育教育实验；
(2)胎教与婴幼儿全脑功能开发研究与实验：
(3)幼儿全脑教育实验；
(4)小学生全脑教育(各个学科)实验；
(5)中学生全脑教育(各个学科)实验：
(6)大学生全脑功能开发与创新思维训练实验：
(7)儿童早期开智实验：
(8)儿童哲学思维训练实验：
(9)韵语识字、汉字源流开智实验；
(10)中小学生抗干扰记忆实验；
(11)中小学生快速高效阅读、简快作文思维训练实验；
(12)中小学生机智速算及前十名策略、发明创造思维训练实验：
(13)职业院校职业能倾思维训练实验。
4、师资培训：对各级各类实验教师进行全脑教育思想和研究与实验方法培训。
5、脑教育与创新思维训练教具研制和产品开发。
6、全脑功能开发与创新思维训练题库建设。 1．科学用脑：
全脑功能开发要遵循四条基本原则：
①统一律，将全脑功能开发、全人教育、思维训练与知识学习、技能训练的过程与方法、情感态度、价值观统一起来；
②适应律，平衡——不平衡(同化或顺应——平衡）；
③适时律，依据人脑发育关键期的理论，不失时机地进行相应的脑功能开发；
④适度律，依据人的各个年龄段大脑表现出的不同特点开发脑功能，不超越阶段，过高要求；也不降低要求，浪费人生(详见“全脑教育教学的基本规律”)。用脑要注意人体生物钟，利用规律，用科学与民主的方法解放大脑。
2．保护和营养脑：
保护脑包括预防脑病，防止脑损伤；学习健脑增智术，如：游戏健脑、娱乐健脑、保健健脑、音乐健脑、运动健脑、充分睡眠健脑等。营养脑是通过科学饮食，保证大脑充足的营养供应。